フレックスタイム制（労働基準法32条の3）は、労使協定で定める一定の期間（清算期間）において1週あたりの平均が40時間を超えない範囲内の一定の時間労働することを条件に、始業時刻・終業時刻の決定を労働者自身に委ねる制度です。フレックスタイム制が適用されると、清算期間内における実労働時間が、清算期間における法定労働時間の総枠を超えなければ時間外労働とならず、残業代が発生しません。

フレックスタイム制を適用するためには、始業時刻・終業時刻の決定を労働者に委ねることを原則として就業規則で定めること、法定の事項を盛り込んだ労使協定を締結すること、労使協定の内容と同内容の規定を就業規則に設けるなどして制度を労働契約の内容とすること、が必要です。

休日労働、深夜労働についての割増賃金はフレックスタイム制が適用される場合でも発生します。